Управление работой по подготовке, проведению и подведению итогов Всероссийской сельскохозяйственной переписи 2006 года осуществляется на четырех уровнях: федеральном, территориальном, районном и полевом.

Эффективное управление всей работой органом или органами власти одного, скажем, федерального уровня власти  просто невозможно. Слишком велики масштабы работы, слишком многообразны задачи, которые предстоит решать в ходе переписи. Только четкое распределение зон ответственности  и полномочий за каждым  уровнем власти позволяет сделать управление ВСХП-2006 четким, оперативным и результативным.